Krutynia z roku na rok jest coraz bardziej oblegana przez turystów. Obok wielkich jezior mazurskich to właśnie ona jest największym skarbem Mazur. Z tego powodu jej część znajduje się na obszarach chronionych prawem, czyli rezerwatów.
Jednym z nich jest rezerwat Krutynia. Utworzony został w 1983 roku dla ochrony jeziora Krutyńskiego z zespołem roślinności wodnej wraz z górnym odcinkiem rzeki Krutyni. Rezerwat jest kresowym stanowiskiem zespołów leśnych na Pojezierzu Mazurskim.
Wyróżnić możemy także rezerwat Krutynia Dolna, który jak sama nazwa wskazuje obejmuje dolną część rzeki. Ten powstał w 1989 roku dla ochrony naturalnego krajobrazu polodowcowego wraz z występującymi na tym terenie ekosystemami wodnymi, leśnymi i torfowiskowymi. Leży na terenie Mazurskiego Parku Krajobrazowego i jest perełką Krutyni. Rezerwat ma powierzchnię 970 ha i obejmuje dolny odcinek rzeki wraz z przyległymi terenami i jeziorami: Malinówko, Gardyńskie i Dłużec. Obszar charakteryzuje się bardzo zróżnicowaną rzeźbą terenu. Obrzeża rzeki i jezior złożone są głównie z trzciny pospolitej, pałki szerokolistnej, oczeretu jeziornego i szaleju jadowitego. Na terenie rezerwatu znajduje się wiele ciekawych gatunków roślin oraz ptaków. W wodach rzeki i jeziorach występują m.in. płoć, szczupak, wzdręga, leszcz, okoń, ukleja, węgorz.